La Commission a définit la voie à suivre pour améliorer le système des brevets. Elle entend faire du brevet communautaire une réalité et améliorer le système actuel de règlement des litiges en matière de brevets. Elle propose de développer les mesures d'accompagnement afin de rendre le système des brevets plus accessibles et en faire baisser le coût. Elle souligne que l'actuel système est très couteux, bien plus que les système américains et japonais. Donner une réalité au brevet européen serait selon elle bien plus attrayant que le système actuel, constitué d'un assemblage de brevets nationaux. Les difficultés à faire avancer la question de la création du brevet communautaire, ont conduit la Commission à lancer, en 2006, une large consultation de toutes les parties prenantes sur le futur système des brevets. Les résultats ne laissent subsister aucun doute sur la nécessité urgente d'agir afin de mettre en place en Europe un système des brevets simple, peu coûteux et de haute qualité, afin de faire face aux brevets américains notamment.

M. McCreevy, chargé du marché intérieur et des services, a déclaré que :  "Les brevets jouent un rôle moteur dans la promotion de l'innovation, la croissance et la compétitivité, mais le marché unique des brevets n'est pas encore achevé. La consultation des parties prenantes que nous avons réalisé en 2006 a révélé que l'Union Européenne doit absolument faire aboutir son action, en particulier en ce qui concerne le brevet communautaire et les arrangements relatifs au règlement des litiges, car dans l'économie mondiale de plus en plus concurrentielle d'aujourd'hui, l'Europe ne peut pas se permettre de perdre du terrain dans un domaine aussi crucial que la politique des brevets. C'est pourquoi je propose de réexaminer les différentes options possibles et de travailler avec le Conseil et le Parlement en vue d'un consensus politique sur une amélioration réelle du système des brevets."

De nombreux juristes soutiennent le brevet communautaire, qui constitue selon eux l'approche qui apportera la plus forte valeur ajoutée à l'industrie européenne dans le cadre de la stratégie de Lisbonne. Cependant l'approche politique commune adoptée par le Conseil en 2003 est très largement critiqué. Pourtant la Commission pense qu'un brevet communautaire réellement compétitif et attrayant peut être mis sur pied, pour autant qu'il existe une volonté politique en ce sens. Elle s'inscrit dans le sens de la création d'une juridiction intégrée à l'échelon de l'union européenne dans le domaine des brevets. Mais cette juridiction crée dans le monde des brevets des préoccupations quant à son caractère excessivement centralisé.