Le projet de loi relatif aux libertés des universités prévoit de doter toutes les universités d’une nouvelle organisation ayant vocation à s’appliquer dans un délai d’un an, et de nouvelles compétences, dans un délai de cinq ans (Les missions sont prévues à l’unique article du titre I). Ce projet se veut innovant. Il propose de rénover la gouvernance des université en vue de " les rendre plus réactives, pour simplifier les procédures, clarifier les missions et élargir leurs capacités d’initiatives " ( Titre II : La gouvernance des universités).

La loi ne prévoit pas de modification de l’architecture institutionnelle des universités. Mais la loi redéfinit intégralement les rôles du conseil d’administration, du conseil scientifique et du conseil des études et de la vie étudiante.

• Dans le cadre de leur autonomie, les universités décideront du nombre de personnes siégeant au conseil d’administration (20 à 30 membres). Des personnes de la société civile pourront l’intégré sans toutefois nuire à l’équilibre représentants des personnels enseignants et étudiants. Les règles de majorité seront simplifiées.
  
  Le conseil scientifique se voit confier une compétence consultative dans le but d’éclairer le conseil d’administration dans sa prise de décision. Le conseil scientifique accueillera des représentants des étudiants du troisième cycle.
  
  Le conseil des études et de la vie universitaire, se voit attribuer une nouvelle mission en matière d’évaluation des enseignements. De plus, il accueillera en son sein un vice-président étudiant.
  
  Le projet de loi prévoit la mise en place, dans chaque université, d’un comité technique paritaire destiné à devenir le lieu du dialogue social.

Le projet de loi renforce le rôle du président de l’université " qui a vocation à devenir le porteur du projet d’établissement ". Le texte prévoit qu’il sera choisi par les membres élus du conseil d’administration pour un mandat d’une durée de 4 ans renouvelable une fois, désormais synchronisé avec celui des conseils, le président " s’imposera légitimement comme l’animateur d’une équipe de direction cohérente. Détenteur de l’autorité en matière de gestion et d’administration de l’université, il disposera d’un droit de regard sur toutes les affectations prononcées dans l’établissement et du pouvoir de déléguer très largement sa signature ". (Chapitre 2 du titre II).

• Le projet de loi propose une nouvelle procédure de recrutement des personnels enseignants :
  
  Par dérogation aux dispositions du premier alinéa de l’article L. 952-6, le président pourra ainsi recruter des enseignants ou des chercheurs ne figurant pas sur la liste nationale de qualification. Toutefois, la compétence de ces personnels sera garantie par une procédure de recrutement faisant appel à un comité de sélection mis en place par l’article 23 du présent projet de loi (article L. 952-6-1 nouveau du code de l’éducation).
  
  Le projet prévoit ainsi la création d’un comité de sélection (" ad hoc "), composé pour moitié au moins d’enseignants chercheurs extérieurs à l’université, en lieu et place des actuelles commissions de spécialistes. Le comité pourra être constitué à tout moment, dès qu’un emploi aura été créé dans l’établissement ou déclaré vacant. Ce comité sera créé par le conseil d’administration (formation restreinte élus des enseignants chercheurs, des chercheurs et des personnels assimilés ).

Cependant, le comité de sélection se substituant aux commissions de spécialistes, ces dispositions ne remettent pas en cause la procédure de recrutement spécifique des professeurs, par concours nationaux d’agrégation de l’enseignement supérieur, dans les disciplines juridiques, politiques et économiques.

Le projet autorise le président à recruter, pour une durée déterminée ou indéterminée, des agents contractuels pour occuper des fonctions techniques ou administratives correspondant à des emplois de catégorie A et des agents contractuels pour assurer des fonctions d’enseignement et de recherche.

• Les universités pourront également disposer de leur patrimoine en demandant à l’Etat le transfert de la pleine propriété des biens immobiliers qui leur sont affectés ou qui sont mis à leur disposition. Ce transfert s’effectue à titre gratuit et prend, dans tous les cas où cela s’avère nécessaire, la forme d’une convention entre les parties visant la mise en sécurité du patrimoine après expertise contradictoire.
  
  Afin de permettre aux universités de valoriser au mieux leur patrimoine, l’article prévoit en outre une disposition permettant au conseil d’administration de l’université de céder à un tiers des droits réels sur les biens qui lui sont transférés, y compris lorsque ceux-ci restent affectés au service public (Article 24).

• La loi, dans son article 14, rend obligatoires les contrats pluriannuels entre l’Etat et les établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel. Ces contrats comportent un volet financier qui tient compte des résultats de l’évaluation de l’établissement réalisée par l’Agence d’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (AERES).

La loi prévoit la mise en place d’un budget global incorporant la masse salariale, s’accompagnant d’une dotation de l’Etat à l’établissement, faisant l’objet d’un contrat pluriannuel ou d’un avenant au contrat en cours (II de l’article 16). Elle prévoit également la mise en place d’instruments d’audit interne et de pilotage financier et patrimonial destinés à renforcer la capacité de gestion de l’université.

• Les universités auront le pouvoir de créer des fondations non dotées de la personnalité morale mais qui pourront bénéficier des règles relatives aux fondations reconnues d’utilité publique. Cette possibilité est aménagée afin de favoriser le mécénat (article 23). Néanmoins bien que n’ayant pas de personnalité morale (afin de réduire les coûts de gestion), le capital de la fondation ne sera pas intégré au budget de l’établissement et sera soumis aux règles applicables aux comptes de fondations qui reposent sur les principes de la gestion privée.